BSA究竟有多牛!(转自美吉生物微信公众号)

  • 2018-04-16 09:19:16
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BSA(Bulked Segregant Analysis),即分群分析法,是根据遗传群体子代表型差异进行分群,通过比较极端分群在多态位点(SNP)的等位基因频率差异程度,锁定目标性状基因的一种基因定位策略。适用于遗传群体,包括质量性状和数量性状。随着高通量测序技术的发展和测序成本不断降低,BSA定位基因开始“牛”了起来。

BAS基因定位,以“”,“”,“”冠名,那么问题就来了:

BSA定位基因有多快


先看一下传统策略与BSA策略大比拼:
传统基因定位策略:                                           BSA基因等位策略:

构建群体—                                                           构建群体—
初定位(小群体,100个样品以内)             极端表型池构建—
精细定位(大群体,几千~几万)—                 关联分析—
耗时数年。。。。。。                                                         基因定位耗时个把月,简单完工.......

那么BSA策略会比传统定位策略快吗?
非也非也!
其实BSA早在20世纪90年代已经产生,但由于分子标记检测效率太低,容易遗漏关联位点,脱靶比率较高,其功效却堪比鸡肋。直到今天,广泛存在的SNP多态性标记,加上高通量测序,才真正成就了BSA,将其“快”的特性发挥的淋漓尽致。
BSA定位策略:
构建群体-极端表型池构建-高通量测序-关联分析-基因定位

所以BSA定位基因的“快”其实归功于是分子标记检测效率的提高,进而在关联分析环节通过“广撒网”,锁定目标基因。



BSA基因定位有多准?

其实不然。
BSA基因定位策略是无法脱离遗传学范畴的,那么BSA定位基因有多准,要取决于三大内在因素:
1、表型鉴定的准确与否。如果混池中个体表型不一,也就失去了关联分析的意义。
2、混池的大小。混池大小相当于遗传群体的大小。混池中每一个个体都可以反映一次完整的遗传事件,混池个体数越多,越有利于找到性状相关基因。
3、测序深度。测序深度要满足理论上每个混池个体均被测到的倍数。即,30个个体的混池,至少要测序30倍基因组数据量才能发挥其功效。

所以,BSA基因定位并不是神话,究竟能有多准,还是要看如何选择。正确的选择将会比努力更重要……



BSA基因定位有多“省”?

了解了BSA的“快”和“准”,我们再共同了解一下BSA究竟能不能“省”。
1、BSA+高通量测序基因定位策略要快于一般定位策略(前面讲的“快”),节省了时间。那么,时间多少金??
2、基于高通量测序的BSA主要依附于公司,相对而言,节省了人力,在21世纪的今天,人力多少金??

3、一般的基因定位过程中,需要不断的合成引物,筛选标记,乃至通过测序开发标记……这些必要的实验室消耗与日渐成熟的高通量测序消费,能差多少金??


关于“省”的话题,不多赘述,这里需要大家各自脑洞大开。但有一点可以肯定,BSA基因定位策略,省时、省力是确认无疑的。


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