医学转录组文献摘要(3)

  • 2019-12-09 13:25:08
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中文题目:黑色素瘤患者免疫原性个人新抗原疫苗

英文题目:An Immunogenic Personal Neoantigen Vaccine for Melanoma Patients

 

  名:      发表时间:201707     IF:43.07

DOI:10.1038/nature22991

作者单位Department of Medical Oncology

 

中文摘要

人类有效的抗肿瘤免疫与针对癌症新抗原(一类源于肿瘤特异性突变的人类白细胞抗原结合肽)的T细胞的存在有关。它们具有高度免疫原性,因为它们不存在于正常组织中,因此绕过了中枢胸腺耐受。虽然新抗原长期以来被认为是抗肿瘤免疫反应的最佳靶位,但它们的系统发现和评估只有在最近大量并行测序用于检测肿瘤内所有编码突变,以及机器学习方法用于可靠预测那些与自体人类白细胞抗原(HLA)分子高亲和力结合的突变肽时才变得可行。我们假设用新抗原接种既能扩大原有的新抗原特异性T细胞群,又能在癌症患者中诱导更广泛的新的T细胞特异性,使肿瘤内部的平衡倾向于增强肿瘤控制。在这里,我们展示了针对多达20种预测的个人肿瘤新抗原的疫苗的可行性、安全性和免疫原性。疫苗诱导的多功能CD4+和CD8+ T细胞分别靶向患者使用的97种独特新抗原中的58种(60%)和15种(16%)。这些T细胞区别于野生型抗原突变,在某些情况下直接识别自体肿瘤。在6名接种疫苗的患者中,4名在接种疫苗后25个月没有复发,而2名复发疾病患者随后接受了抗PD-1(抗程序性细胞死亡-1)治疗,并经历了肿瘤完全消退,新抗原特异性T细胞的总量增加。这些数据为这种方法的进一步发展提供了强有力的理论基础,单独或与检查点阻断或其他免疫疗法相结合。

 

 

中文题目:痘苗病毒载体疫苗诱导体内增强功能性CD8+ T细胞的免疫特征

英文题目:Immune Signature of Enhanced Functional Avidity CD8+ T Cells in vivo Induced by Vaccinia Vectored Vaccine

 

  名:scientific reports      发表时间:201702     IF:4.011

DOI:10.1038/srep41558

作者单位复旦大学上海公共卫生临床中心

 

中文摘要

T细胞的功能亲合力是清除病毒感染和消除肿瘤的关键决定因素。了解如何在T细胞中维持功能的亲和力是免疫治疗的必要条件。然而,仍然缺乏系统地表征体内诱导的具有高功能亲合力的T细胞的研究。以前,我们和其他人发现痘苗病毒载体疫苗诱导抗原特异性CD8+ T细胞,其功能亲和力相对于核酸疫苗更高。在此,我们使用功能性、免疫表型和转录组学研究来定义这些具有高功能亲合力的CD8+ T细胞的免疫特征。疫苗诱导的抗原特异性CD8+ T细胞表现出优异的体内杀伤活性,并显示出明显的转录谱,而在记忆亚群的组成和细胞因子多功能性方面没有发现显著差异。转录分析揭示了疫苗诱导的CD8+ T细胞在几种生物学过程中的独特特征,包括转运、细胞周期、细胞通讯和代谢过程。总之,我们描述了疫苗在体内诱导的高功能亲和力CD8+ T细胞,这不仅提高了我们对疫苗接种中适应性T细胞免疫的理解,而且为基于T细胞的免疫治疗提供了调节CD8+ T细胞功能亲和力的线索。

 

研究背景:

功能亲合力,也称为抗原敏感性,是决定T细胞功能的最关键特性之一。原则上,在暴露于特定密度抗原时,T细胞所受刺激的强度由它们的功能亲和力决定。高亲和力的T细胞可以在较低的表面密度和感染早期识别病毒感染的细胞。此外,在给定的抗原密度下,具有较高亲合力水平的T细胞可以诱导更强的功能。因此,高亲和力的T细胞可能在低同源抗原浓度阈值下执行快速和容易的效应子功能,有助于在大量繁殖和病毒突变从免疫监视中逃逸之前有效地消除病毒感染的细胞。此外,凭借更宽的变体交叉识别能力、更宽的T细胞反应和更强的功能特性,高功能亲合力CD8+ T细胞也更容易触发效应子功能并在体内迅速扩增,有助于形成它们的免疫优势,从而有效清除病毒感染的细胞和消除肿瘤细胞。结果,T细胞的亲合力被认为是T细胞功能、病毒感染控制和肿瘤消除的主要决定因素。

 

研究结论:

疫苗有能力将抗原特异性CD8+ T细胞的低水平功能亲合力调节到较高水平,这与增强的CTL体内杀伤活性有关,但与CD4+ T辅助细胞的细胞因子谱、抗原特异性CD8+ T细胞的记忆表型和多种功能无关。全局基因表达分析表明,VACV选择性激活了一组独特的基因,这些基因主要参与几种信号通路,这可能是体内功能性嗜性成熟的原因

 

 

中文题目:母体免疫激活导致成年后代中复杂的小胶质细胞转录组特征,而米诺环素治疗可逆转这种特征

英文题目:Maternal immune activation results in complex microglial transcriptome signature in the adult offspring that is reversed by minocycline treatment

 

  名:Transl Psychiatry     发表时间:201705     IF:5.182

DOI: 10.1038/tp.2017.80

作者单位Cellular Neurocience, Max-Delbrueck-Center for Molecular Medicine in the Helmholtz Association

 

中文摘要

妊娠期母体免疫激活与晚年患精神疾病的风险增加有关。由于小胶质细胞在中枢神经系统神经元信号的发育和维持中起着关键作用,因此这种联系可能通过MIA诱导的后代中的缺陷小胶质细胞表型来桥接。米诺环素免疫调节治疗对精神分裂症患者的有益作用符合这一假设。使用MIA小鼠模型,我们发现成年后代的小胶质细胞转录组和吞噬功能发生改变,伴有行为异常。小胶质细胞吞噬功能在功能和转录水平上的变化与阿尔茨海默病小鼠模型中观察到的变化相似,提示神经退行性和精神障碍中存在相关的小胶质细胞表型。米诺环素治疗成人MIA后代完全恢复了转录、功能和行为缺陷,突出了治疗性靶向小胶质细胞在精神疾病中的潜在益处。

 

研究背景:

小胶质细胞作为大脑的固有免疫细胞,在精神疾病如精神分裂症的病理生理学中发挥了新的作用。小胶质细胞能够在突触修剪过程中吞噬突触物质,这对脑回路的正常发育和维持至关重要。它们的吞噬活性也控制着发育和成年期神经元祖细胞的数量。由于精神分裂症是一种在突触形成、神经源性和神经元传递方面具有显著异常的疾病,小胶质细胞功能障碍可能导致发育中的中枢神经系统中异常的突触形成和神经发生,从而导致精神分裂症的发展和进展。

 

 

中文题目:挖掘胶质母细胞瘤微环境中有预后价值基因的TCGA数据库

英文题目:Mining TCGA database for genes of prognostic value in glioblastoma microenvironment

 

  名:Aging (Albany NY)     发表时间:201804     IF:5.515

DOI: 10.18632/aging.101415

作者单位哈尔滨医科大学生物化学与分子生物学系

 

中文摘要

胶质母细胞瘤是最致命的脑肿瘤之一。对癌症基因组图谱(TCGA)数据库的方便访问允许大规模的全球基因表达谱和数据库挖掘,用于基因和包括GBM在内的各种恶性肿瘤的整体存活率之间的潜在相关性。以前的报告表明肿瘤微环境细胞和肿瘤中浸润免疫细胞和基质细胞的程度对预后有显著影响。基于估计算法计算的免疫分数和基质分数可以促进肿瘤中免疫和基质成分的量化。为了更好地理解免疫细胞和基质细胞相关基因对预后的影响,我们在TCGA数据库中根据其免疫/基质评分将GBM病例分为高评分组和低评分组,并鉴定了其表达与GBM患者预后显著相关的差异表达基因。功能富集分析和蛋白质相互作用网络进一步表明,这些基因主要参与免疫应答、细胞外基质和细胞粘附。最后,我们在来自中国胶质瘤基因组图谱(CGGA)的一个独立的GBM队列中验证了这些基因。因此,我们获得了一个肿瘤微环境相关基因的列表,这些基因可以预测GBM患者的不良预后。

 

研究背景:

肿瘤细胞内在基因特别是主转录因子决定了GBM的起始、进展和进化。据报道肿瘤微环境也严重影响肿瘤组织的基因表达,从而影响临床结果。肿瘤微环境是肿瘤所在的细胞环境,它由免疫细胞、间充质细胞、内皮细胞以及炎症介质和细胞外基质分子组成。在肿瘤微环境中,免疫细胞和基质细胞是两种主要类型的非肿瘤成分,并已被提出用于肿瘤的诊断和预后评估。

 

研究结论:

与GBM患者预后显著相关的差异表达基因进行功能富集分析和蛋白质相互作用网络进一步表明,这些基因主要参与免疫应答(immune response)、细胞外基质(extracellular matrix)和细胞粘附(cell adhesion)。通过基于免疫评分估计算法的TCGA数据库功能富集分析,我们提取了肿瘤微环境相关基因列表。这些基因在一个独立的GBM队列中得到验证,这可能有助于概述GBM患者的预后。一些以前被忽略的基因有可能成为GBM的额外生物标志物。此外,测试这一新的基因组合是否比单个基因提供更强的生存预测力将是非常有趣的。最后,对这些基因的进一步研究可能导致对肿瘤微环境与GBM预后的潜在联系的新见解。

 

 

中文题目:组织内淋巴细胞的转录调节

英文题目:Transcriptional Regulation of Tissue-Resident Lymphocytes

 

  名:Trends Immunol    发表时间:201702     IF:13

DOI: 10.1016/j.it.2016.11.004

作者单位Department of Microbiology and Immunology, The University of Melbourne

 

中文摘要

许多先天和适应性免疫细胞存在于非淋巴组织中,在那里它们有助于屏障免疫、组织稳态和免疫调节。这些居住在组织中的群体不会在血液或淋巴系统中再循环,而是采用一种不同于循环中免疫细胞的独特表型。组织驻留主要描述为记忆D8+T细胞[组织驻留记忆T细胞(TRM)],但现在很清楚CD4细胞、调节性T(TRG)细胞、各种先天T细胞和先天淋巴细胞可以在非淋巴组织中建立驻留。在这里,我们强调了组织内淋巴细胞的独特和共同特征,重点关注最近被证明指导组织内淋巴细胞建立的转录程序。

  

研究背景:

驻留在组织中的淋巴细胞存在于与循环不平衡的多个组织中。组织内淋巴细胞显示出关键的共性,包括共享的基因表达谱和发育程序,如组织出口所需的基因关闭。虽然CD4 + T细胞的特殊群体,包括调节性T细胞,也可以在多种非淋巴组织中发现,但目前尚不清楚这些细胞是否能建立长期永久居留。Hobit和Blimp1是多淋巴细胞谱系中组织驻留的中央调节因子,它们协同抑制组织外出和循环记忆细胞发育所需的基因。不同组织中的组织内淋巴细胞对其发育和维持有不同的要求。

 

研究结论:

驻留在组织中的淋巴细胞在发育、转录特性和功能专门化方面是独一无二的。它们的特殊位置使这些群体能够在组织内提供有效的一线防御和免疫调节功能。尽管组织内淋巴细胞有一些共同的转录要求,但我们对组织内淋巴细胞分化和维持的精确调控仍处于初级阶段。对组织迁移的严格控制和随后组织出口的关闭似乎是大多数(如果不是所有的话)人群所共有的。转录因子Hobit和Blimp1是几个组织内淋巴细胞中这些过程的核心。然而,是否所有人群的常驻淋巴细胞都利用类似的转录电路来维持常驻仍然是一个悬而未决的问题。此外,确定淋巴细胞在不同组织中的倒伏如何导致不同的转录特征和组织特异性适应将是至关重要的。了解这些免疫细胞编程的分子途径可能为有效疫苗的设计和治疗炎性疾病或癌症的疗法的发展提供新的见解。

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