Cytoscape网络图绘制详解(二)

  • 2019-12-25 13:19:44
  • 172
  • 0


通过上一篇文章我们对网络图基本的参数设置进行了讲解,

文章链接:Cytoscape网络图绘制详解(一)

除了这些基础设置外,Cytoscape还有哪些功能呢?

基于平日老师们的绘图需要和常见问题,下面的文章将对Cytoscape的常用功能为大家进行扩展介绍。


一、生成图例


在界面左上区域Style中选择Create Legend,弹出的框中显示的即为网络图中的所有的图例信息,可在弹框的右下角将图例进行导出保存。








二、添加注释信息


在绘制网络图时,若需要对网络图的一些细节进行解释说明,此时就需要添加注释信息了。

右击主绘图区空白处,在“add”选项中既可添加各类注释信息,下图以文字注释为例。







三、查找邻近点


如果绘制的网络图节点比较多,或者想查找某个节点与哪些节点之间有联系,可以首先点击我们关注的节点,随后点击工具栏中的“A,则网络图中所有与该节点有连线的节点的颜色都变为黄色。









如若还想更精细的观察这些黄色点的连接情况,则继续点击工具栏中的“BCytoscape则会新生成一个新的网络图,该网络图只包含在上一步中标黄的节点。

通过这个功能我们可以更轻松的来分析网络图中的关键信息。






四、去除冗余和自连线


在实际绘制网络图的过程中,有时候会出现点与点之间有多条连线,或者一个节点有自连线的存在。

可以在菜单栏中的Edit选项中对这两种连线进行修正和剔除。





五、网络图展示效果设置


在文献中看到的图大多排布非常美观,在Cytoscape中有多种展示效果供大家选择。

具体的操作位置在菜单栏Layout选项中,图中的展示效果就是以Circular Layout来展示的。





六、网络图输出


在菜单栏中“File”选项可将网络图进行输出,Cytoscape为大家了提供了多种导出形式,以大家经常导出的图片格式为例。







可个性化选择图片的大小、格式以及网络图在整个图片中的占比。

若在图片保存后续还需要对其进行AI美化编辑操作建议大家保存为矢量图(pdfsvg)格式,这样后续编辑会比较方便。



以上呢,网络图绘制软件cytoscape的一些常用操作。实际上,cytoscape软件十分强大,它所含有的功能不仅于此,需要我们多家探索与深入学习。

另外,如若使用美吉生物云的老师们想要利用云平台分析后的数据文件进行网络图的绘制,先微生物多样性方向的数据文件导出方式已上传至美吉官网论坛区,点击下方标题可直接查看:

如何从云平台中导出数据用于cytoscape网络图的绘制 --微生物多样性

另,如果您对本篇的操作讲解还存在疑问,可在本文章下方留言区和我们互动交流~~

小编也会根据大家的问题持续更新程哒~






评论

全部评论()
查看更多评论
众彩网彩票 众彩网彩票 众彩网彩票 众彩网彩票 众彩网彩票 众彩网彩票 众彩网彩票 众彩网彩票 众彩网彩票 众彩网彩票