美吉生物云交互式RNA-Seq云平台——表达+差异+基因集功能介绍

  • 2017-10-20 10:55:01
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概要美吉生物云交互式RNA-Seq 云平台中表达量分析、表达量差异分析以及基因集功能详细介绍。


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    哒哒哒,小编又来为大家介绍美吉生物云交互式RNA-Seq云平台了,听说在实验室奋斗的帅气的师兄师弟和漂亮的师姐师妹都在学习美吉RNA-Seq交互式云平台 ,老板再也不用担心我的测序数据没有彻底被挖掘了!!!别拦我,我要学习和了解美吉生信云,我要发SCI,我要走上人生巅峰。





    啥?美吉生物云交互式RNA-Seq云平台模块太多?如何从各领风骚的模块中一眼相中与数据挖掘最最最相关的风水宝地呢?莫急莫急,有小编在,咱就不会错过领略这风水宝地——表达+差异+基因集。






接下来,小编就带大家领略这三个模块的“风景”,相信您会流连忘返的。

表达量分析

    兴高彩烈的拿到转录组数据后,你是不是想用不同软件计算基因表达量?想用不同表达量指标(count、TPM和 FPKM)看下基因的表达情况?想对基因表达量矩阵进行筛选和排序?想看下基因在不同样本的表达趋势变化?想用不同的图对基因表达分布进行展示? 。。。。。。当这些问题遇到RNA-Seq 交互式云平台之“表达量分析模块”就统统不是问题了,si不si很开心。



  可是,我还想了解样本间基因表达的分析该怎么办呢?莫担心,样本间Venn分析、相关性分析和PCA分析统统也会都给您。



表达量差异分析

    做了转录组测序,最最最关注的莫过于基因/转录本的差异表达情况了,小编懂您,接下来咱们就来详细领略该处风景。此处主要对差异基因/转录本的统计进行分析,包括:差异基因/转录本在单个比较组中的分布情况和差异基因/转录本在多个比较组别中的分布情况。



    对重新运行出来的差异基因的展现——散点图和火山图也会随刚才的运行而变化哦。

    所谓萝卜青菜各有所爱,图的的颜色想改成自己喜欢的颜色肿么办?横纵坐标的标题或表头也想修改肿么办?天空飘来五个字,这都不是事,只需轻轻一点“图表工具”即可满足您对图片的调整的需求。

    视力不好,网页图片看不清?莫急,点击“全屏查看”再仔细瞅瞅,或点击图右上角的下载按钮,偷偷告诉您:下载时可以选择不同的图片格式哦!


基因集分析

    基因集是什么东东?顾名思义就是基因的集合呗,哈哈,si不si特简单?平时小编经常被客户问:我自己重新挑选了与研究目的相关的一群基因,想对这部分基因进行聚类、注释、富集等分析,可又不会,请公司帮忙的话,要付出时间和金钱成本,哎,真让人上火 。。。。。。

    莫着急,基因集分析模块设计的目的就是让您的时间和空间更自由,自由的对挖掘出的与研究目的或表型相关的一些基因进行注释、表达、聚类、功能富集、Venn图等研究。看到这是不是开心的要飞起来。不多说了,跳起,旋转,撒花。

    关于该模块分析内容及其作用,我们在之前的微信文中有提到哦。

    接下来让我们来展示下这炫酷的分析内容吧

(1)Venn分析——鉴别基因集间共有和特有的基因。



(2)聚类分析——对选择的基因集中的基因/转录本进行表达模式聚类分析,包括热图和子聚类趋势图。

    “参数设置”带您玩转聚类分析,从对基因集、表达量指标的选择到聚类方法、距离算法等,随您切换。有颜又有实力,就是这么任性!


(3)功能分类——对基因集中的基因进行功能分类,包括COG,GO和KEGG。



(4)功能富集分析——对基因集中的基因进行功能富集分析,获得其参与的功能和通路,包括GO富集和KEGG富集分析。



(5)蛋白互作网络分析——基于基因对应的蛋白信息,研究基因间是否存在相互作用。



    哎呀,不小心介绍了这么多,si不si被深深吸引了呢!其实,小编今天给大家介绍的也只是一部分呢,更多的功能等您亲测哦!

下一期小编带领大家领略其他模块的风景,美吉生物云交互式RNA-Seq 云平台不仅处处好风景,更是带给您时间和空间的自由,想分析哪就点哪。



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